明日香因终日抑郁而陷入昏迷的状态，新出现的少年渚薰取代她作为二号机的驾驶员。真嗣最初同薰成为好友，但之后发现他其实是最后的使徒。薰同真嗣对战，之后意识到如果人类要茁壮成长，他自己就必须死，并要求真嗣杀了他。真嗣在犹豫过后最终杀死了薰。