1、签发的主体不同船东单是船公司签发的提单，货代单是货代基于船东单出的提单，由货代公司签发。货代单不是想签发就签发，签发货代单的主体起码要在目的港有代理。
2、抬头不同船东单是以船公司为抬头，货代单则以货代名称为抬头。
3、目的港收货方式不同船东单可直接向船公司提货，货代单必须先在目的港向货代的代理换取船东单，然后再凭船东单去提货，俗称换单。或者由目的港客户凭货代单直接找货代的代理提货。
4、适用范围不同船东单适用于整箱装（FCL）货物。如果是拼箱装（LCL）货物，货代只能给客户签发货代单或者电放（Telex Release）。
