1、抗生素抗菌谱较窄，仅对细菌有杀灭作用，而抗菌肽抗菌谱很广，对于大多数革兰氏阴阳性菌均有效，并且对于某些真菌、病毒、寄生虫、原生动物等都有抑制或者杀灭作用。
2、抗生素副作用明显，积累到一定程度后会对水产动物产生不可逆的病理刺激，而抗菌肽对于水产动物的副作用基本没有。
3、生物体无法将抗生素分解彻底，抗生素通过生物富集作用会经由食物传递到人体之中，而抗菌肽本身是多肽类，所以生物体可以将具分解为氨基酸从而被机体吸收。
4、和抗生素相比，抗菌肽最大的不同就是不易产生耐药性，这一点是抗菌肽能够替代抗生素的根本原因。