祖厝与祠堂的区别为：
一、指代不同
1、祖厝：供奉近代祖先的地方。
2、祠堂：同垮墟普免族的人共同祭祀祖先的庙堂。存放有家谱和祖先牌位等。
二、侧重点不同
1、祖厝：不一定有牌位，而且规模相对不大。
2、祠堂：主要用于祭祀祖先，此外作为各房子孙办理婚、丧、寿、喜等的场所。值得注意的是族亲们有时为了商议族内的重要事务，也常在祠堂进行。
三、引证用法不同
1、祖厝：沈从文 《从文自传·我读一本小书同时又读一本大书》：“本地大建筑在城外计三十来处，除了庙宇就是会馆和祖厝。”
2、祠堂：冰心 《六一姊》：“从我们楼上可以望见曲家门口和祠堂前两对很高的旗杆，和海岸上的魁星阁。”