1、对于小的肾囊肿，无症状时不需要做任何治疗，但要定期复查，观察囊肿是否继续增大。无症状者应经常进行尿液检查，包括尿常规、尿培养，每半年至1年进行一次肾功能检查，包括内生肌酐清除率。由于感染是本病恶化的重要原因，所以不在十分必要时，不要进行尿路创伤性检查。
2、对于超过3厘米的囊肿，微化中药渗透疗法采用保守治疗，安全性高，该疗法据囊肿病理改变特点，利用中药活扩张血管的特性，作用于肾脏微循环，改善囊壁周围供氧状况，软化囊壁，增加通透性，使囊内液通过增加的血液循环而被带走，囊液减少，囊肿自然减小。同时，通过药物活性物质，作用于囊壁内层分泌细胞，修复其正常功能，阻断其异常分泌，使囊内液不在分泌，囊肿从根本上逐渐减小。
3、除了治疗外，肾囊肿患者还需要在生活上积极的进行预防，包括以下几个方面：(1)一般事项：避免剧烈的体育活动和腹部创伤，肾脏肿大明显时应避免腰带过紧，以防囊肿破裂。(2)控制高血压：这在保护肾功能中起决定性作用。首选血管紧张素转换酶抑制剂，其他降压药如钙离子拮抗剂、血管扩张药。(3)积极防治尿路感染：多见于女性。在饮食起居、个人卫生等方面都应加倍小心，要适当锻炼，要根据天气温度变化随时增减衣服，预防感冒和各种感染。