4至6个月清洗一次。每季度都要对二次供水水质进行检测一次，因为水中有滋生物、水池(或水箱)壁和底部有沉淀物，二次供水水箱的设施每半年都要清洗消毒，并提供水样合格检测报告。用户有权获知清洗、消毒相关信息，还可以参与清洗和消毒的全场监督。
水池在使用过程中会产生一些生物杂质：水生物体(如藻类)及细菌、微生物、天然有机化合物(如腐植酸)等。
目前已知的在水中的有机物高达2221种，有很多有害物质。水池长期不进行清洗将严重危害人们的健康，水池清洗可有效杀灭细菌微生物，人在饮用的时候也可以放心。
二次供水水箱清洗的药水一般是氯，然后是二氧化氯、臭氧、和紫外线。各有优缺点。目前以二氧化氯最为普遍，因为二氧化氯具备消毒效果强，投放剂量少，成本低，副作用少，对人体无毒等优点。